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全基因組甲基化（WGBS）

  • 產(chǎn)品簡(jiǎn)介
  • 技術(shù)流程
  • 樣本要求
  • FAQ

DNA甲基化是重要的表觀(guān)遺傳學(xué)標(biāo)記信息，獲得全基因組范圍內(nèi)所有C位點(diǎn)的甲基化水平數(shù)據(jù)，對(duì)表觀(guān)遺傳學(xué)的時(shí)空特異性研究具有重要意義。Bisulfite甲基化測(cè)序是以新一代高通量測(cè)序平臺(tái)為基礎(chǔ)，結(jié)合全基因組Bisulfite處理和生物信息數(shù)據(jù)分析技術(shù)，進(jìn)行低成本、高準(zhǔn)確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
  • 經(jīng)驗(yàn)豐富
    積累了豐富動(dòng)植物的物種經(jīng)驗(yàn)
  • 結(jié)果可靠
    建庫(kù)過(guò)程中加入λDNA作為陰性對(duì)照計(jì)算C-T轉(zhuǎn)化率，經(jīng)驗(yàn)豐富的生信工程師執(zhí)行分析
  • 聯(lián)合分析
    支持和RNA-seq免費(fèi)聯(lián)合分析，同時(shí)滿(mǎn)足和其他組學(xué)聯(lián)合分析需求
  • 一站式服務(wù)
    售前方案設(shè)計(jì)，售中異常解決，售后個(gè)性化分析
產(chǎn)品特點(diǎn)
  • 應(yīng)用范圍廣
    適用于所有染色體水平參考基因組已知物種的甲基化研究
  • 全基因組覆蓋
    最大限度地獲取完整的全基因組甲基化信息，精確繪制甲基化圖譜
  • 單堿基分辨率
    可精確分析每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)
建庫(kù)方式測(cè)序平臺(tái)測(cè)序策略測(cè)序深度C-T轉(zhuǎn)換率
Bisulfite轉(zhuǎn)化

二代平臺(tái)

PE15030X≥99%

產(chǎn)品類(lèi)型樣品要求
全基因組甲基化測(cè)序樣品類(lèi)型無(wú)降解且無(wú)蛋白和RNA污染的DNA樣品
樣品需求量≥0.5 μg
樣品濃度≥13 ng/μl
   
  • Q：WGBS對(duì)于物種有什么要求？
    A：
    如果物種有以下情況，可能不適合進(jìn)行WGBS：
    1) 基因組甲基化修飾率（5mC）很低的物種。已報(bào)道的低甲基化率物種包括：果蠅等雙翅目昆蟲(chóng)、面粉甲蟲(chóng)、釀酒酵母、粟酒裂殖酵母、線(xiàn)蟲(chóng)和黃曲霉。這些物種基因組5mC修飾很少，可挖掘到的信息不多。
    2) 參考基因組組裝質(zhì)量較差的物種。WGBS數(shù)據(jù)的比對(duì)對(duì)于參考基因組的組裝質(zhì)量要求較高，通常建議使用組裝到染色體級(jí)別的參考基因組。如果物種基因組僅到Scaffold水平，會(huì)影響到比對(duì)質(zhì)量。
    3) 基因組存在復(fù)雜因素的物種。有些物種基因組存在GC含量偏高、雜合度偏高、多轉(zhuǎn)座子、多重復(fù)區(qū)域等情況，都會(huì)影響WGBS數(shù)據(jù)的比對(duì)質(zhì)量。

  • Q：WGBS推薦數(shù)據(jù)量多少？需要設(shè)置生物學(xué)重復(fù)嗎？
    A：
    通常WGBS甲基化建議測(cè)序數(shù)據(jù)量至少為30X基因組大小，生物學(xué)重復(fù)為2-3個(gè)。因?yàn)榈唾|(zhì)量reads、非唯一比對(duì)reads、重復(fù)reads等因素，實(shí)際可用數(shù)據(jù)會(huì)少于下機(jī)數(shù)據(jù)，對(duì)于參考基因組質(zhì)量較差、基因組復(fù)雜、樣本量較少等情況，建議適當(dāng)提高測(cè)序數(shù)據(jù)量以保證最終分析結(jié)果可信。

  • Q：Bisulfite處理后非甲基化C是否都會(huì)被測(cè)為T(mén)？未轉(zhuǎn)化的比例如何計(jì)算？
    A：
    在文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中，會(huì)向樣本中混入少量沒(méi)有5mC的λDNA；根據(jù)比對(duì)到λDNA的數(shù)據(jù)中C堿基未發(fā)生C-T轉(zhuǎn)化（仍被測(cè)序?yàn)镃）的比例，即可計(jì)算轉(zhuǎn)化率。按照安諾的成熟實(shí)驗(yàn)流程，按此方法計(jì)算得到的非甲基化C堿基轉(zhuǎn)化率在99.5%左右，確保達(dá)到生物信息分析要求。

    對(duì)于植物樣本，有些文章會(huì)利用葉綠體DNA（5mC修飾水平極低）計(jì)算轉(zhuǎn)化率。由于葉綠體基因組序列和甲基化修飾水平具有物種差異，安諾分析流程并未使用此方法。用此法計(jì)算轉(zhuǎn)化率所得結(jié)果可能和λDNA計(jì)算得到的結(jié)果有少量偏差，屬于正常情況。
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