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Smart-seq2單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

  • 產(chǎn)品簡(jiǎn)介
  • 樣本要求
  • FAQ

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 (Single Cell RNA Sequencing)是在單細(xì)胞水平對(duì)mRNA進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增及高通量測(cè)序的一種技術(shù),研究單個(gè)細(xì)胞內(nèi)的整體基因表達(dá)情況,以及基因的結(jié)構(gòu)變異,主要用于細(xì)胞分子機(jī)制中細(xì)胞異質(zhì)性研究、以及樣本量少而無(wú)法進(jìn)行常規(guī)高通量測(cè)序等。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
  • 擴(kuò)增技術(shù)
    SMART-seq2技術(shù)能夠滿足高敏感度、無(wú)偏好性的cDNA轉(zhuǎn)錄本的擴(kuò)增,也能夠富集完整全長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄本,并且可以維持原始mRNA各轉(zhuǎn)錄本的豐度。
  • 分析內(nèi)容
    以基因表達(dá)水平和基因結(jié)構(gòu)水平分析為兩大支柱;其他包括轉(zhuǎn)錄因子的注釋和細(xì)胞亞型分類等模塊;可以根據(jù)客戶具體需求提供個(gè)性化分析服務(wù)及多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析。
  • 合作文章成果
    Science、NatureCell、lmmunity、Nature Communications等多篇文章。
  • 項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)和物種經(jīng)驗(yàn)
    豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),測(cè)序物種包含多種動(dòng)植物。
         
 送樣要求
細(xì)胞分離由合作方完成單細(xì)胞分離
樣品類型活體新鮮完整細(xì)胞,不適于經(jīng)固定、染色等處理的樣本
樣品體積在顯微鏡或其他設(shè)備輔助下分離,得到的單細(xì)胞樣本體積以不高于1μl為宜
送樣量建議重復(fù)單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)不小于5個(gè)
其它要求直接使用公司提供的0.2 ml平蓋PCR管作為采集管,管蓋標(biāo)注編號(hào);細(xì)胞樣本需采用緩沖液洗滌;裂解液避免反復(fù)凍融,注意避免起泡
操作過(guò)程中請(qǐng)盡量將采樣管置于低溫環(huán)境下(如冰上)。樣本采集管需要用Parafilm封口膜纏繞封口,裝入PCR管盒,橡皮筋固定,再裝入自封袋,-80℃暫存,大體積干冰運(yùn)輸;防止液體狀態(tài)下管身顛倒使細(xì)胞附于采樣管內(nèi)壁上部
送樣量:?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增,建議重復(fù)單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)不小于5個(gè)
細(xì)胞采樣后,請(qǐng)置于96孔管盒中,避免采樣管傾倒,盡快寄送,若需保存請(qǐng)置于-80℃
   
  • 常見(jiàn)的單細(xì)胞分選方法及優(yōu)缺點(diǎn)?
    A:
    1)有限稀釋法
    優(yōu)點(diǎn):操作簡(jiǎn)便,無(wú)需特殊儀器設(shè)備,成本低;
    缺點(diǎn):對(duì)于濃度的計(jì)算易存在誤差,基于泊松分布原理,即使在理想狀態(tài)下,獲得單細(xì)胞效率在20-30%左右,假陽(yáng)性率高。               
    2)顯微操作法(口吸管)
    優(yōu)點(diǎn):操作簡(jiǎn)單,價(jià)格低廉,適用于少量的單細(xì)胞挑選;
    缺點(diǎn):不能通量操作,有人為因素干擾,需要技術(shù)熟練,存在降解風(fēng)險(xiǎn)。                       
    3)流式細(xì)胞儀分選(BD FACSAria系統(tǒng))
    優(yōu)點(diǎn):可以分選特定抗體標(biāo)記的細(xì)胞類型,細(xì)胞活性較好,可通量操作;
    缺點(diǎn):分選單細(xì)胞效率不高,50%能擴(kuò)增成功。
    4)微流控(Fluidigm /Cl系統(tǒng))
    優(yōu)點(diǎn):適用于均一細(xì)胞系,通量高、分選擴(kuò)增效率高;
    缺點(diǎn):只能用于轉(zhuǎn)錄組,不能分選差異的細(xì)胞,而且采用的是SMARTer的擴(kuò)增方式。
    5)激光顯微切割(LCM)
    優(yōu)點(diǎn):適用于組織樣本,分選效率高,特異性好;
    缺點(diǎn):操作復(fù)雜,需要固定染色等步驟,對(duì)核酸產(chǎn)生潛在的損害。
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