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ATAC-seq

  • 產(chǎn)品簡(jiǎn)介
  • 技術(shù)流程
  • 樣本要求
  • FAQ

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing）是利用高通量測(cè)序檢測(cè)轉(zhuǎn)座酶易接近的染色質(zhì)的一門技術(shù)。ATAC-seq 只需要很少的細(xì)胞就能鑒定基因組中所有活躍的調(diào)控序列。在 ATAC-seq 技術(shù)中，利用轉(zhuǎn)座酶Tn5特異性識(shí)別并結(jié)合到開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域的裸露DNA上，切割DNA的同時(shí)插入測(cè)序接頭，通過(guò)擴(kuò)增形成完整文庫(kù)，上機(jī)測(cè)序、分析鑒定染色質(zhì)開(kāi)放區(qū)域。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
  • 低細(xì)胞起始量
    重復(fù)性好，信噪比高、特異性強(qiáng)、實(shí)驗(yàn)簡(jiǎn)單，耗時(shí)短
  • 研究染色質(zhì)互作全景
    能同時(shí)揭示開(kāi)放染色質(zhì)的基因組位置、DNA結(jié)合蛋白和轉(zhuǎn)錄結(jié)合位點(diǎn)的相互作用
  • 物種范圍廣
    滿足動(dòng)物、植物等樣本的要求，具有很好的物種適應(yīng)性
  • 應(yīng)用范圍廣
    適用于免疫機(jī)制、發(fā)育調(diào)控、抗逆脅迫等生物學(xué)研究
應(yīng)用方向
  • 繪制染色質(zhì)開(kāi)放性圖譜，鑒定細(xì)胞/組織特異性調(diào)控元件和轉(zhuǎn)錄因子
  • 表觀修飾差異研究，從轉(zhuǎn)錄調(diào)控揭示生物變異的表觀遺傳基礎(chǔ)
  • 聯(lián)合多組學(xué)，建立轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，打通基因組遺傳變異與生物表型關(guān)聯(lián)的“黑匣子”
推薦數(shù)據(jù)量測(cè)序策略推薦測(cè)序平臺(tái)細(xì)胞活性

動(dòng)物 50M Reads，植物 100 M Reads

PE150

二代測(cè)序平臺(tái)≥80%

產(chǎn)品類型樣品要求
ATAC-seq樣品類型動(dòng)物來(lái)源的新鮮細(xì)胞、凍存細(xì)胞或凍存組織
樣品需求量每個(gè)反應(yīng)需細(xì)胞5-10萬(wàn)個(gè)，組織約50 mg
樣品活性制備為細(xì)胞懸液時(shí)，活性在80%以上
樣品純度需要避免外源污染
樣本預(yù)處理預(yù)處理需參考乙方提供的詳細(xì)資料
           
  • Q：ATAC-seq研究轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的方法與ChIP-seq有何異同？
    A：
    不同于ChIP-seq直接用實(shí)驗(yàn)來(lái)獲取結(jié)合位點(diǎn)的方法，ATAC-seq主要是基于開(kāi)放區(qū)域的模體基序來(lái)預(yù)測(cè)可能結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子，適用于一些缺少ChIP級(jí)抗體或難于做ChIP富集的轉(zhuǎn)錄因子研究。
  • Q：ATAC-seq每個(gè)樣本測(cè)序數(shù)據(jù)量需要多少？是否需要設(shè)置生物學(xué)重復(fù)？
    A：
    文獻(xiàn)中每組樣本普遍設(shè)置2-3個(gè)生物學(xué)重復(fù)，建議按此設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)；如果樣本獲取難度較大，可以考慮用技術(shù)重復(fù)取代或不設(shè)重復(fù)。
    可用reads需要在下機(jī)數(shù)據(jù)中去除低質(zhì)量、細(xì)胞器來(lái)源、比對(duì)異常、重復(fù)片段等不適用于后續(xù)分析的部分，根據(jù)項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，建議初始測(cè)序數(shù)據(jù)不少于50M reads；組織樣本建成文庫(kù)的均一性通常較差，可以增加至100M reads水平。
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